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SOFファイル（ハードウエアイメージ）とELFファイル（NiosIIソフトウエア）をFPGAにダウンロードしましょう。ダウンロードにはNiosII Command Shellを使用します（これを参考にインストール）。

Windowスタートメニューからaltera→Nios II EDS 9.1→Nios II EDS 9.1 Command Shellを選択。

このようなコマンドシェルが現れます。

cdコマンドでsofとelfファイルのあるディレクトリに移動する。

nios2-configure-sofとタイプしてリターン。

successfulを確認しましょう。これでハードウエアイメージ（sofファイル）が書き込まれました。

この時点でLCDに何らかが表示されていると思います。LCDの表示はハードで行っているからです。

もう一度Windowスタートメニューからaltera→Nios II EDS 9.1→Nios II EDS 9.1 Command Shellを選択し、新しいコマンドシェルでnios2-terminalとタイプしてリターン。

元のシェルに戻ってnios2-download -g xxx.elfとタイプしてリターン(xxxはelfのファイル名）。これでNiosIIソフトウエアが書き込まれました。

ソフトを書き込むとタッチパネル（NiosIIが制御している）が有効になっているのが分かると思います。